《高校毕业生就业协议书》与劳动合同是用人单位录用毕业生时所订立的书面协议，但两者分处两个相互联系的不同阶段，表现在：
1、《高校毕业生就业协议书》主要是毕业生在校时，由学校参与见证的，与用人单位协商签订的，是编制毕业生就业计划方案和毕业生派遣的依据(在校期间未签订的同学在离校后第一次就业时也要签订就业协议书)，劳动合同是毕业生与用人单位明确劳动关系中权利义务关系的协议，学校不是劳动合同的主体，也不是劳动合同的见证方，劳动合同是上岗毕业生从事何种岗位、享受何种待遇等权利和义务的依据。
2、《高校毕业生就业协议书》的内容主要是毕业生如实介绍自身情况，并表示愿意到用人单位就业，用人单位表示愿意接收毕业生，学校同意推荐毕业生并列入就业划进行派遣。劳动合同的内容涉及劳动报酬、劳动保护、工作内容、劳动纪律等方方面面，更为具体，劳动权利义务更为明确。
3、一般来说《高校毕业生就业协议书》签订在前，劳动合同订立在后，如果毕业生与用人单位就工资待遇、住房等有事先约定，亦可在《高校毕业生就业协议书》备注条款中予以注明，日后订立劳动合同对此内容应予认可。
4、《高校毕业生就业协议书》是毕业生和用人单位关于将来就业意向的初步约定，对于双方的基本条件以及即将签订劳动合同的部分基本内容大体认可，并经用人单位的`上级主管部门和高校就业部门同意和见证，一经毕业生、用人单位、高校用人单位主管部门签字盖章，即具有一定的法律效应，是编制毕业生就业计划和将来可能发生违约情况时的判断依据。
5、毕业生在协议书上签署个人意见之后，用人单位或学校两方之中只要有一方在协议书上签字，毕业生即不得单方面终止协议的签订工作。毕业生违约时，必须办理完毕与原签约单位的解约手续，然后将原协议书交还大学生就业创业指导中心，并换取新的协议书。
6、毕业生如果不慎将协议书遗失，学校原则上不再补发。若因特殊情况需要补发时，毕业生必须以书面形式提出申请(申请表到学院就业指导网站的下载中心下载)，由分管毕业生辅导员和系签署意见，经大学生就业创业指导中心调查并研究之后酌情处理。
需要说明的是：按程序最后到学校签章，由学校作最后把关，更有利于维护毕业生合法利益。有些毕业生图方便，要求学校先签章，再交用人单位，容易写上有损毕业生权益的条款，产生不利后果。学校把关，意义还在于确认签约手续是否完备，否则由于手续不齐等原因，导致报方案时通不过，或派遣后到用人单位无法报到，会加大毕业生心理负担。
