县本级财政预算执行审计，是地方审计部门每年计划内的工作重点之一，其审计结论为地方政府及人大等相关部门直接重视，审计报告的质量也因而影响到政府对财政资金的科学调度和合理决策。那么对于如何深入、透彻的搞好县本级财政预算执行审计呢?
以贯彻执行财政政策为重点。
对于相关政策的深入了解和解读，是每个审计人员必须掌握的基本武器之一，财政资金涉及的点多面广，政策性强，资金的使用和分配方向以及会计科目复杂，要想在审计过程中查出问题，熟悉相关的法规文件至关重要。特别是目前上级转移支付的资金占据地方财政总收入比重之大，政策之多，审计过程中必须从文件入手，了解资金性质。再者根据相关文件法规，从财政改革、预算分配、资金管理以及税收征管等政策制度进行延伸，从而查找问题。
以预算编制和执行为重点。
预算编制的科学性、合理性，乃至准确性，目前仍然在存在诸多问题，历年延续，甚至 “累教不改”，而具体实施过程中，与执行差距甚大，有的支出甚至与预算根本无逻辑和关联性，突出了预算的不严肃性。特别是有些地方非税收入，纳入预算管理的甚至不足实际执行收入的一半，乃至包括政府采购、国土出让、国有资本经营等，有的是有预算未执行，有的是有执行无预算等。因此，在审计过程中，要求审计人员认真核对、分析，并了解其问题产生的根本原因。一是审查预算收支的完整性、真实性，检查各项一般预算收入、政府性基金收入、国有资本经营收入、社保基金收入等是否按规定纳入预算管理;二是检查各项收支是否据实列报，有无随意调整支出科目以及其他人为调节收支进度等问题;预算支出进度是否均衡，分配是否及时，有无年底集中分配资金等问题;三是分析财政支出的规模和结构，在预算安排、项目确定以及资金分配等方面是否体现转方式、调结构、改善民生等重点，关注农业、科技、教育等法定支出是否达到规定比例，预算超收收入的安排和使用是否合规;四是检查向非预算单位分配资金情况。
以非税收入收缴管理为重点。
从历年的审计情况来看，非税收入的收缴管理有些成为“惯性病”，主要包括不缴入国库进行预算管理，库外列收列支，甚至被财政部门外借放贷等，人为混淆收入内容及类别等问题。审计人员在审计过程中，一是检查应按规定纳入预算管理的各项行政事业性收费、国有资本经营收益、专项收入、国有资源有偿使用收入等是否及时足额缴入国库，有无隐瞒、滞留收入以及仍作为预算外资金管理等情况。二是检查非税收入征收系统运行是否安全有效，有无混淆收入科目以及滞留、延压收入情况，三是检查是否有非税收入与执收单位任务“挂钩”进行返还的情况，同时又针对性的抽查并跟踪有无“乱收费”等现象。
以部门预算管理为重点。
部门预算是政府财政预算的主要组成部分，它直接影响到财政资金的统筹调度，所以说，对部门预算管理进行重点审计，至关重要。审计人员一是要审查预算编制是否科学合理，审批部门预算是否公开透明，有无项目不落实、预留资金、分配不公等问题;二是要检查年度执行中追加预算的合规性、合理性，在摸清追加预算总体规模、来源和下达时间的基础上，按照部门类别分析追加预算的'项目结构和比重;三是选择部分部门单位，检查追加预算项目申报程序是否严格，申报材料是否真实准确，项目准备是否充分，资金分配是否及时，使用是否做到专款专用。
以国库集中支付为重点。
国库集中收付制度是政府将所有财政性资金都纳入国库单一帐户体系管理，收入直接缴入国库或财政专户，支出通过国库单一帐户体系支付到商品和劳务供应者或用款单位，所以说，国库收付是财政资金流动的“瓶颈”，也是资金进出的关口，完善和严格执行国库集中收付制度异常关键。审计人员一是要在分析集中支付范围、直接支付比例和银行账户管理的基础上，检查应纳入集中支付范围的支出项目是否及时纳入，支付进度与预算执行进度是否相适应，关注地方财政局对部门单位零余额账户和其他银行账户监管是否到位;二是检查部门单位结转和结余资金管理情况，摸清资金规模，分析原因，检查有无虚报项目骗取财政资金、通过基本账户转移资金，以及资金长期闲置等问题。
以专项资金管理及绩效为重点。
财政专项资金的合规使用也是审计重点，特别是上级转移支付的资金，随时可能被挤占挪用，审计人员主要以民生领域的专项资金从预算安排、资金分配、使用管理和绩效情况入手，检查项目设立是否科学合理，资金分配是否合规，拨付是否及时到位，资金使用是否安全有效，是否达到预期目标，特别是对群众比较敏感突出项目资金，务必采取“一竿子插到底”进行跟踪延伸。
以专户资金管理为重点。
从目前看来，地方财政专户资金账户过多、管理分散、专项资金透明度不高、专户资金缺乏有效的监管、专户资金游离在财政预算之外的现象仍然存在;甚至地方财政部门以“近水楼台先得月”，钱从门前过，将专户利息不按规定缴入国库进行预算管理，而另作收入，甚至形成“小金库”，因此，审计人员在审计同时：一是检查是否按照国家有关规定对各项资金和账户进行清理。二是对实行专户管理的部分资金进行审计，在摸清管理方式和资金收支规模的基础上，检查资金分配是否合规，资金投向是否符合国家相关政策要求，使用管理是否严格。
