在制度中，可以有两个层次的内部控制。一是作为一个法人实体的公司的内部控制，二是控股公司（或集团）的内部控制。
相对于一个法人实体来说，集团的内部控制更为复杂。一是子公司的内部控制，一是控股公司对整个集团的内部控制，二者的职能应当明确界定，相互补充。
参照巴塞尔委员会关于内控制度的框架性文件，金融控股公司的内部控制应当有三个目标：第一，实现集团的协同效应，实现效率目标；第二，提高集团的透明度，保证对内对外的信息是及时的、可靠的和恰当的；第三，保证整个集团的经营活动符合监管要求和，符合公司制定的政策和程序。
二、金融控股公司架构下的主要风险
金融控股模式只是多元化金融集团的一种组织结构。在多元化金融业务的组织模式中，金融控股模式是取其“中”，即介于全能银行模式和分业经营模式之间。在金融控股模式下，子公司仍然是“分业”的，或者说是专业化的，而集团是“全能”的，从而兼顾了安全和效率。
应当说，金融控股模式只是部分地排除了全能银行的`风险。虽然控股公司只对子公司的债务承担有限责任，但由于金融集团内部复杂的持股关系和资金往来，单个机构的安全并不能得到充分的保障，并且面临着新的风险。在金融控股架构之下，分业经营下金融机构的仍然存在，但又提出一些新的问题。最大的问题就是金融集团的内部交易问题。所谓内部交易（intragroup
